海洋國家公園管理處 (以下簡稱海管處) 自民國 96 年 10 月 4 日成立為台灣海洋邁向永續經營的重要里程碑，旋於倡議建立我國第一個海洋保護區，民國 97 年劃設「東沙環礁國家公園」，凸顯所保育之東沙環礁生態系及地景特性，民國 99 年將「澎湖南方四島國家公園」納入，主要以打造生態島嶼、保護自然與人文資源、推動綠色能源與建構友善環境，以研究和保育為主軸，提供珊瑚礁及海洋生態研究的環境，期使該海域的珊瑚礁、海洋生物及文史資源均能依法予以有效保育。
澎湖南方四島之玄武岩地質具有成為世界遺產的普世價值，同時其特有種植物、保育類野生動物、珍貴珊瑚礁生態與獨特梯田式菜宅人文地景等多樣化的資源，澎湖南方四島海域具有海水湧升現象，因此海洋生態豐富，島嶼周邊之珊瑚覆蓋率高，平均覆蓋率約 50%。其經營管理重視「資源保育」，以「種原庫」的概念，在國家公園經營管理的理念下，運用科學調查研究、監測和科學資料蒐集，預測環境變遷。並以生態資料為基礎，訂定有效之保護、利用和管理措施。海管處為有效監測珊瑚的健康狀況、掌握環境對於珊瑚的影響，經年辦理「珊瑚礁總體檢」及清除棘冠海星等工作；今 (104) 年再次與水產試驗所澎湖海洋生物研究中心暨澎湖縣政府農漁局合作，進行該海域的健康監測。
根據本次共進行 10 條穿越線調查得知，東嶼坪嶼的珊瑚覆蓋率最佳，達到 76.8％，東吉嶼的珊瑚覆蓋率次之，平均約 68.0％，而在民國 98 至 102 年受到棘冠海星大量啃食的西吉嶼珊瑚已逐漸復原，4 條測線平均覆蓋率約 45.9%，棘冠海星在今年的調查中則發現密度約在每公頃 2 隻以下，維持在健康珊瑚礁的標準值內。
資料來源：臺灣國家公園